Résumé
Dix ans après le FFI, une obscurité inaperçue se cache derrière le pays. Le Japon et ce qui était autrefois le football a changé au cours des 10 années qui ont passé. En ce moment, le football est différent du précédent et est devenu une raison pour que les gens perdent espoir et cessent d'y jouer. Le nouveau protagoniste principal, Matsukaze Tenma tente d'intégrer le nouveau club de Raimon et réussit mais il réalise vite, face à une autre équipe, que le football est différent de ce qu'il avait imaginé.
Maintenant, le football au Japon est contrôlé par une organisation appelée "Cinquième Secteur" et est dirigé par un homme connu sous le nom de "Holy Emperor", à savoir Ishido Shuuji (qui est révélé plus tard être Axel Blaze ). Le football, dans son état actuel, est contrôlé et décide du résultat final d'un match, si l'équipe gagne ou si elle perd. Le "Vrai Football" a disparu.
Arion Sherwind, ainsi que les membres de l'équipe Raimon, visent maintenant à ramener le football libre afin que chacun puisse enfin jouer au foot librement sans avoir été commandé comment le faire.
La révolution commence contre le Cinquième Secteur. Les Raimon vont avoir l'aide d'une organisation appellée la "Résistance" commandé par Seymour Hilman qui va essayer de devenir le nouvel empereur. Ils vont avoir aussi l'aide d'anciens personnages de la série Inazuma Eleven.